Действие Смертельного Альянса разворачивается во временной период между третьим и четвертым эпизодами знаменитой космической саги.

Игрокам на этот раз доверят не знакомых джедаев, а воинственную Рианну Сарен (Rianna Saren) и ее дроида-охранника по имени Зио (Zeeo). Эта парочка нанята повстанцами для грязной работы — уничтожения нескольких имперских планет и целых легионов вражеской армии. Главная же цель заключается в раскрытии секретов легендарной Звезды Смерти (Death Star), с которой позже придется разбираться Люку Скайуокеру (Luck Skywalker). Для выполнения этой задачи Рианне придется изрядно попотеть, расшвыривая врагов комбо-ударами и расстреливая их из различного оружия.